Az MCSZESZ egy érdekképviseleti szervezetként működik, célja ennek értelmében tehát a romániai magyar civil szféra szervezeteinek felkarolása, tevékenységük hatékonyságának és eredményességének növelése. Ennek érdekében a következő célkitűzéseket határozta meg a Szövetség alapító okiratában:Esélyegyenlőség megteremtése az információhoz való hozzájutásban, információáramoltatás, információs iroda működése;Közvetítés a tagszervezetek és más jogi és természetes személyek számára;Hálózatépítése a partnerség elve alapjánBelső forrásközpontként való működés, szakmai tudásátadás biztosítása, tréningek, képzések szervezése a nonprofit szféra menedzsmentje, pénzügyvitele, adományszervezés, pályázatírás témakörökben, kiadványok megjelentetése, konferenciák szervezése, valamint szakmai könyvtár létesítése;A civil szféra kapcsolatrendszerének kialakítása, bővítése és ápolása a hazai román és külföldi civil szférával;A tagok és a civil szféra érdekképviselete és érdekvédelme a közéletben;Partnerségen alapuló együttműködés az egyházakkal, a gazdasági és politikai szférával;Civil kontroll érvényesítése minden esetben, amikor közösségi érekek sérülni látszanak;Civil kontroll érvényesítése a támogatási rendszerek működése felett;A civil szférát érintő jogi szabályozások monitorizálása, törvénytervezetek és módosító javaslatok kidolgozása és érvényre juttatása.